Susupuato es una población prehispánica, habitada por diversos grupos Tarascos, mazahuas, otomíes y náhuas.
Es conquistado por Nuño de Guzmán, aproximadamente en 1529. Durante el período colonial fue un pequeño poblado sujeto al curato de Tuzantla, administrado por el clérigo regular y con participación de jesuitas, quienes tenían varias estaciones y trapiches en la región.
Durante la guerra de independencia formó parte de la ruta insurgente del oriente de Michoacán, región en donde destacaron los hermanos Rayón y José Sixto Verduzco.
Al finalizar la lucha por la independencia, San Miguel Susupuato, era un pueblo muy pobre y contaba en 1822 con 57 habitantes. Durante la Intervención Francesa, Susupuato fue refugio de los liberales nacionalistas.
Se constituyó en municipio por decreto de 10 de diciembre de 1831.
En la modificación a la Ley Territorial de 1839, Susupuato no aparece como municipio, por lo que se supone, que tuvo calidad de tenencia hasta la modificación territorial del 13 de diciembre de 1855, en donde es considerado como municipio.
El 22 de agosto de 1863 se nombró a su cabecera Susupuato de Guerrero en memoria de Don Vicente Guerrero, nombre que actualmente conserva.